香港城市大学深圳研究院成立于2001年，由香港城市大学全资拨款设立，是城大科研的一个有机组成部分，亦是城大研发工作在国内的延伸，同时肩负着将香港城市大学科技成果向国内转移的使命。

　　2002年，城大研究院（深圳）有限公司注册成立。公司为独资企业，着力加强城大与深圳、珠江三角洲以及整个中国业界的合作伙伴关系；并配合城大深圳研究院在高新知识转移、产业孵化、引进重点实验室和研发中心等方面的发展。

　　香港城市大学深圳研究院及城大研究院（深圳）有限公司一向致力推动知识转移。研究院下的四家研发中心：生物医药科技中心、信息与通信科技中心、未来网络科技中心及福田-城大红树林研发中心及项目组多年来承担了多项国家、省市及香港的科研项目，如国家863计划、国家自然科学基金委员会专项基金项目、广东省科技重点攻关项目、组建深圳市重点实验室、深港创新圈计划、深圳市各项科技计划以及香港创新署科技计划等。其多项研发成果更获得深港两地政府的支持及奖项，其中包括香港工商业科技成就大奖、深圳市科技创新大奖和深圳双百计划等。2008年7月5日国家副主席习近平率领代表团在深圳考察粤港合作期间专程视察了城大深圳研究院生物医药科技中心。

　　城大深圳研究院也多次获得深圳虚拟大学园优秀研究院、先进研究院、人才支持奖和引进研发机构奖等荣誉称号和奖励。